S prvou zmienkou o existencií kostola a farnosti sa stretávame v roku 1332 v súpise pápežských desiatkov. S istotou preto môžeme tvrdiť, že v Bystrici existovala fara a kostol, prípadne kaplnka, na začiatku 14., prípadne v druhej polovici 13. storočia. Dejinnú niť farnosti a kostola môžeme neprerušene sledovať od prvej tretiny 16. storočia. Obnovenie farnosti, keďže Bystrica bola istý čas filiálkou stupavskej farnosti, súvisí s príchodom chorvátskeho etnika. Aj výstavba kostola spätne datovaná do roku 1534 bola dôsledkom prudkého nárastu počtu obyvateľov obce. Z kanonickej vizitácie z roku 1562 sa dozvedáme, že v roku 1561 prišiel do Bystrice farár Matias Nojem, hlaholista, ktorý slúžil bohoslužby v staroslovienskom jazyku. S Chorvátskymi kňazmi sa v Záhorskej Bystrici stretávame až do polovice 18. storočia ( Lubetič, Golubič, Besedič, Megliť), na rozdiel od Nojema však ako liturgický jazyk používali latinčinu, po chorvátsky len kázali. Ich prítomnosť kladne pociťovali aj Chorváti v Lamači, keďže bol Lamač od prelomu 16.a 17. storočia až do roku 1752 filiálkou bystrickej farnosti. Stavba predchodcu dnešného barokovo-klasicistického chrámu úzko súvisela s príchodom chorvátskych kolonistov po roku 1526, prvý Chorváti sú v Bystrici doložený už v roku 1529. Ich príchod bol podnetom na prebudovanie kaplnky, ktorá už priestorovo nepostačovala, na rozmernejší, i keď z dnešného pohľadu malý kostol. Jeho stavbu datuje do roku 1534 na miesto kaplnky sv. Petra, ktorá bola filiálkou stupavského kostola. Patrocínium kostola bolo rozšírené aj na sv. Pavla, čo bolo rozšíreným javom na začiatku novoveku. Na základe zatiaľ odkrytých múrov a zmienke vo vizitácií z roku 1782 možno tvrdiť, že kostol bol spolu s cintorínom ohradený múrom a sekundárne mohol slúžiť ako refúgium - útočisko v čase nebezpečenstva. O obranej funkcii kostola svedčia aj zvyšky renesančných strieľní v neskorogotickej veži, ktorá sa zachovala zo starého kostola a pri stavbe terajšieho chrámu bola vyvýšená a obostavaná. O rozmeroch a výzore neskorogotického kostola podrobne rozprávajú kanonické vizitácie z rokov 1755 a 1782. Kostol bol výrazne menší ako dnešný. Svätyňa mala dĺžku 7,2 m, šírku ,šírku 5,4 m a klenbu vo výške 5,4 m. Loď kostola bola dlhá 9,9 m, široká 7,2 m a zaklenutá klenbou vo výške 6,3 m. Kostol mal vežu štvorcového pôdorysu s dĺžkou steny 3,6 m. Veža bola vysoká približne 21,6 m a na jej vrchole bol osadený dvojkríž. Kostol mal drevený chórus. Do kostola sa vchádzalo dvoma vchodmi, hlavným na priečelí a bočným vchodom. Kanonické vizitácie sa zmieňujú aj o vnútornom zariadení kostola. Hlavný oltár bol zasvätený úcte sv. apoštolov Petra a Pavla, okrem patrónov chrámu boli na ňom sochy sv. Gregora Veľkého, sv. Juraja, sv. Jozefa, sv. Mikuláša, sv. Rócha, obraz sv. Sebastiána a socha P. Márie. Na bočnom oltári Najsvätejšej trojice bol medzi sochami sv. Jána Evanjelistu a sv. Jána Krstiteľa obraz Najsvätejšej trojice. V hornej časti oltára bol medzi dvoma plastikami anjelov obraz sv. Juraja. Tretí oltár bol zasvätený Sedembolestnej Panne Márií. Bola na ňom v hodvábe odetá socha P. Márie, socha sv. Františka Serafínskeho a sv. Antona Paduánskeho, v hornej časti oltára obraz P. Márie medzi dvoma plastikami anjelov. Na drevenom chóre sa nachádzal organ s desiatimi registrami, pravdepodobne jednomanuálový s pedálom, chýbajú však bližšie správy o jeho dispozícií i zhotoviteľovi. Podľa vizitácie z roku 1755 boli vo veži kostola tri zvony o hmotnosti päť, tri a jeden centenár. Na veži kostola boli aj slnečné hodiny o ktoré sa starala obec. Na cintoríne okolo kostola sa pochovávalo až do roku 1779 a cintorín bol posunutý smerom ku škole - bývalej fare, kde sa pochovávalo až do konca 19. storočia.

Fara

Pôvodne stála farská budova na mieste už dnes zaniknutého cintorína severne od kostola, mala slamenú strechu a v polovici 18. storočia bola v dezolátnom stave, takmer na spadnutie. Ako sa dozvedáme z Galgócyho vizitácie až do príchodu farára Bobkoviča v roku 1742 farári na Bystrickej fare nebývali a dochádzali za svojimi veriacimi z Bratislavy. Práve pre zlý stav starej fary daroval v roku 1751 gróf Leopold Pálfi budovu dnešnej fary, nazývanú ako Gertnerov dom, ako sídlo bystrických farárov. Pálfi kúpil dom od Gertnera za 750 zlatých. Baroková kúria bola postavená v roku 1737 Gertnerom, ktorý bol úradníkom na pálfiovskom panstve. Overený prepis originálu darovacej listiny je uložený vo farskom archíve. Pôvodne baroková budova prešla v priebehu rokov viacerými prestavbami, najviac sa o jej zveľadenie zaslúžili farári Štefan Rosíval a Alojz Kofrányi. Objekt vyniká nádhernými priestrannými zaklenutými miestnosťami a klenbovými pivnicami pod vstupnou bránou a vedľajšiu veľkou miestnosťou. Na dvore sa nachádzala studňa, za ktorou bola záhrada z veľkej časti ohradená múrom.

Kostol sv. Petra a Pavla

Na konci 18. storočia už malý kostol mohol sotva postačovať stále vzrastajúcemu počtu bystrických farníkov, ktorých bolo už vyše 1300. Pristúpilo sa teda po mnohých prípravách k stavbe honosného nového farského kostola. Základný kameň kostola bol položený a posvätený 26. apríla 1803 za účasti veľkého počtu duchovenstva, miestnych veriacich i hostí z okolia. Slávnostnej svätej omši predsedal biskup Jozef Vilt, za účasti zemepána a patróna kostola grófa Leopolda Pálfiho. Pri stavbe kostola musela farnosť predať svoje tri vinice v Dolnej hore a v Kopuňákoch a dom, ktorý bol vo vlastníctve cirkvi. Z predajov získala farnosť na stavbu chrámu v roku 1803 1840 zlatých. Podľa vyúčtovania za rok 1803 bolo na stavbu kostola z farskej pokladnice uvoľnených 3300 zlatých. Veľkú zásluhu na stavbe chrámu mal aj zemepán Pálfi, ktorý dal materiál na stavbu kostola. Počas stavby kostola v rokoch 1803 až 1805 sa veriaci stretávali na bohoslužbách v kaplnke na mieste, kde dnes stojí hostinec „ U Iváka „ Hoci kostol nebol dlhšiu dobu zariadený, začal hneď slúžiť ako bohoslužobné miesto pre početnú farnosť, aj keď ešte v roku 1812 kostol nebol úplne dokončený. Na slávnostnú konsekráciu čakal kostol až do 31. augusta roku 1834, keď ho slávnostne konsekroval pomocný ostrihomský biskup Alexius Jordánsky. Veľkú zásluhu na vybudovaní chrámu mal aj vtedajší farár Jozef Dergovič, ktorý v Bystrici pôsobil v rokoch 1801 až 1824. Kostol sv. Petra a Pavla je jednoloďová barokovo-klasicistická stavba so svätyňou ukončenou pravouhlým záverom. Loď je dlhá 20,8 m, široká 10,7m, zaklenutá troma poliami pruskej klenby na pásoch dosadajúcich na rímsové hlavice zdvojených pilastrov a v rohoch na hlavice zalomených pilastrov. Na západnej stene kostolnej lode je murovaný chór na dvoch stĺpoch. Loď kostola je presvetlená šiestimi veľkými oknami. Bočný vchod do kostola je na južnej stene. Svätyňa kostola má dĺžku 10,46 m, šírku 8,3 m, zaklenutá je vo výške 15 m. Podlaha vo svätyni je zvýšená v porovnaní s loďou o jeden schod. Dlažbu v interiéry kostola tvorí kamenná opuka štvorcového tvaru ukladaná na koso. Svätyňa je presvetlená štyrmi vitrážovými oknami. K severnej stene svätyne je pristavaná sakristia, do ktorej sa vchádza kamenným portálom so svätyne. Veža kostola je obostavaná bočnými priestormi, v južnom sa nachádza schodisko vedúce na chór a do veže, v severnom schodisko do podkrovia. Spodná časť veže bola ponechaná zo starého kostola. Veža kostola je vysoká 40 metrov, cimburie je pokryté na medeno natretým plechom. Na vrchole veže je kríž vysoký dva metre. Vo zvonici sú štyri akustické otvory. Loď a svätyňa kostola je zastrešená sedlovou strechou so škridlou. Na priečelí kostola sa nachádza hlavný portál s rímsou a dve okná zo schodiska vo veži. Interiér kostola prechádzal od dostavania mnohými zmenami. Súčasné zariadenie kostola pochádza zo začiatku 20. storočia a vyznačuje sa málo vídanou slohovou a štýlovou jednotnosťou. Hlavný oltár umiestnený v pravouhlom závere svätyne je zasvätený patrónom chrámu sv. Petrovi a Pavlovi. Zhotovil ho v roku 1906 Jozef Kreuse z Banskej Štiavnice za 6400 korún, ktoré zozbierali medzi sebou obetaví farníci. Sto korún na oltár venovala Ostrihomská Kapitula, dvesto korún venoval patrón kostola gróf Ľudovít Károly a šesťsto korún jeho manželka.

Centrálnej časti oltára nad pozláteným tabernákulom dominujú drevorezby apoštolov sv. Petra a Pavla, na ľavej strane je socha sv. Vendelína, v pravo socha sv. Floriána. Pozoruhodné sú reliéfy zo života Panny Márie po oboch stranách tabernákula i reliéfy pod oltárnou menzou zobrazujúce obetujúceho veľkňaza Melchizedecha a Abraháma obetujúceho svojho syna Izáka. Kazateľnica z roku 1917 je umiestnená na ľavej strane víťazného oblúka. Je dielom tirolského majstra Jozefa Rungaldiera . Sú na nej zobrazení štyria evanjelisti so svojimi atribútmi. Oproti krstiteľnici vo výklenku na víťaznom oblúku je socha sv. Jozefa. Mramorovú krstiteľnicu darovala v roku 1921 vdova Juliana Žernovičová. K novému zariadeniu svätyne patrí obetný stôl a ambón, ktoré boli zakúpené v roku 2002.Bočné oltáre sú zasvätené sv. Anne a Božskému Srdcu Ježišovmu. Sochy na oltároch zhotovil v roku 1917 Jozef Rungaldier zo St. Ulrich Gröden v Tirolsku za 620 korún. Na zhotovenie oltárov venovala Juliana Žernovičová 3550 korún. Oba oltáre spolu s kazateľnicou posvätil v roku 1921 spišský biskup Ján Vojtaššák, pri príležitosti vysluhovania sviatosti birmovania. Oltár Ružencovej Panny Márie je umiestnený do niky v severnej stene kostola. Oltáru dominuje sediaca socha Panny Márie s malým Ježišom v náručí spolu so sochami sv. Dominika a sv. Štefana Uhorského. Pôvod oltára siaha do roku 1915 a mohol byť postavený vďaka daru Mateja Žernoviča, ktorý na tento účel vo svojom testamente venoval 2000 korún. Oltár bol po náročnom reštaurovaní znovupostavený a slávnostne požehnaný 28. júna 2003. Prevažná časť vnútorného zariadenia kostola bola zadovážená počas prvých rokov pôsobenia dekana Antona Floreka v Záhorskej Bystrici. Na západnej čelnej stene chrámovej lode sa nachádza murovaný chór s organom z roku 1902. V rokoch 1917 a 1918 boli do okien vo svätyni a v lodi kostola farníkmi zakúpené vitráže, ktoré zhotovila firma Rudolf Lentgeb Glasmalerei z Viedne. Obrazy krížovej cesty darovala kostolu v r. 1917 Mária Urdovičová. Zásluhou dekana Antona Floreka boli zakúpené nové zvony, ktoré boli slávnostne požehnané 13. apríla 1925. V roku 1938 bola vykonaná generálna oprava exteriéru kostola, úplne bol vymenený krov a strešná krytina kostola a sakristie, boli dané nové ríny z pozinkovaného plechu. Taktiež bola nanovo omietnutá fasáda kostola. Celý kostol bol nanovo vymaľovaný v dvoch odtieňoch žltej farby. Posledná veľká oprava interiéru kostola prebiehala od roku 1998 a zavŕšená bola výmaľbou v roku 2004.